ตัววัดมี ตัววิหารหลังเดิม ไม่ปรากฏหลักฐานแน่ชัดว่าผู้ใดสร้างเนื่องจากเมืองพะเยามีการอพยพผู้คนจากภัยสงคราม ทำให้ตัวเมืองถูกปล่อยร้าง จนกระทั่งมีการฟื้นฟูเมืองขึ้นมาใหม่หลังยุคที่กรุงธนบุรีและกรุงรัตนโกสินทร์ตีเอาล้านนามาจากพม่า มาจนถึงช่วงที่พระยาประเทศอุดรทิศ เป็นผู้ครองเมืองพะเยาคนสุดท้าย ก่อนที่จะมีการเปลี่ยนระบบการปกครองแบบหัวเมือง มาเป็นมณฑลเทศาภิบาลในสมัยรัชกาลที่ 5 ช่วงสมัยนี้ เริ่มมีการบูรณะวัดศรีโคมคำและพระเจ้าตนหลวงขึ้นมาอีกครั้ง หลังตัววัดและองค์พระมีสภาพทรุดโทรมมาเกือบ 60 ปี
การบูรณะวัดศรีโคมคำ เป็นการบูรณะไปทีละส่วน เนื่องจากขาดงบประมาณ ทำให้เกิดความล่าช้า จนเมื่อ ปี พ.ศ. 2465 ชาวเมืองพะเยา ภายใต้การนำของพระยาประเทศอุดรทิศได้อาราธนาครูบาศรีวิชัยจากเมืองลำพูน เข้ามาเป็นประธานฝ่ายสงฆ์ การบูรณะวัด ปี พ.ศ. 2466 ภายใต้การนำของครูบาศรีวิชัย ได้มีการรื้อวิหารหลังเก่าที่ครอบพระเจ้าตนหลวงออกแล้วสร้างหลังใหม่ขึ้นมาแทน มีการสร้างศาลาราย โบสถ์ วิหารพระพุทธบาทจำลอง ทั้งหมดแล้วเสร็จภายในระยะเวลาเพียง 1 ปี จนเมื่อปี พ.ศ. 2467 ก็ได้มีการทำบุญฉลองวัดที่บูรณะขึ้นมาใหม่ เป็นระยะเวลานานกว่าหนึ่งเดือน
วัดศรีโคมคำ เป็นวัดที่มีความแปลก ต่างจากวัดอื่น เนื่องจากเริ่มสร้างวิหารหลังแรก ภายหลังการขึ้นโครง ก่ออิฐ เพื่อก่อสร้างองค์พระเจ้าตนหลวง ซึ่งแล้วเสร็จในวันเพ็ญเดือนแปด (ปฏิทินจันทรคติแบบล้านนา) ตรงกับวันขึ้น 15 ค่ำเดือนหกของไทย มีการฉลององค์พระครั้งแรก เรียกว่า เทศกาลแปดเป็ง
เทศกาลแปดเป็ง จัดขึ้นทุกปี ในช่วงเดือนพฤษภาคม ช่วงสัปดาห์วันวิสาขบูชา ในงาน มีการทำบุญฉลององค์พระช่วงกลางวัน และมีงานมหรสพ การออกร้านของกาชาดจังหวัด เครื่องเล่น และร้านขายสินค้าที่ระลึกในช่วงกลางคืน
วัดศรีโคมคำ ได้รับการยกฐานะขึ้นเป็นพระอารามหลวง ชั้นตรี ชนิดสามัญ เมื่อวันที่ 17 เมษายน พ.ศ. 2523 ถือเป็นพระอารามหลวงแห่งแรกและแห่งเดียวในจังหวัดพะเยา
อุโบสถกลางน้ำ ศิลปะแบบล้านนาประยุกต์ สร้างขึ้นเมื่อปี พ.ศ. 2528 รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อวันที่ 4 กรกฎาคม พ.ศ. 2529 ตัวอุโบสถสร้างยื่นเข้าไปในกว๊านพะเยา ด้านหน้ามีทางเดินเชื่อม ภายในมีภาพเขียนจิตรกรรมฝาผนังของ อังคาร กัลยาณพงศ์ ศิลปินแห่งชาติ
หอวัฒนธรรมนิทัศน์ เป็นพิพิธภัณฑ์แสดงโบราณวัตถุ เอกสาร ข้อมูลสำคัญทางประวัติศาสตร์ของจังหวัดพะเยา เช่น ความเป็นมา วรรณกรรม ภูมิปัญญาท้องถิ่น วัฒนธรรม ประเพณี และวิถีชีวิตความเป็นอยู่ของชาวพะเยา พิพิธภัณฑ์ เปิดทำการ เวลา 09.00 - 16.00 น. หยุดวันจันทร์และอังคาร
จุดชมพระอาทิตย์ตกดินริมกว๊านพะเยา อยู่ด้านหลังวัดศรีโคมคำ ติดกับกว๊านพะเยา จากจุดนี้ สามารถมองเห็นทิวเขาผีปันน้ำทอดตัวเป็นแนวยาวอยู่ด้านหลังกว๊านพะเยาได้อย่างชัดเจน จุดชมพระอาทิตย์ตกด้านหลังวัดศรีโคมคำนี้ เป็นหนึ่งในสถานที่ ที่สามารถมองเห็นพระอาทิตย์ตกดิน นกน้ำ กว๊านพะเยา และทิวเขา ได้สวยงามที่สุดของจังหวัดพะเยา
The founding of Wat Si Khom Kham dates to sometime in the 12th century. The present structure was completed in 1923. The central large Buddha statue was cast during the years 1491 to 1524.
The temple's wihan hosts a 16 metres (52 ft) high, 14 metres (46 ft) wide Buddha statue (Phra Chao Ton Luang) in the angular local style of the 15th and 16th centuries. Surrounding the wihan are 38 Buddha heads, some cast in the local Phayao pink sandstone, dating from the 14th century.
Another temple wihan has been built on stilts over the lake. It hosts murals painted by Thai artist Angkarn Kalayanapong. The murals are in Lanna style with some contemporary features.
Legend has it that the site for Wat Si Khom Kham was chosen by the Buddha himself. While he was seeking shelter from the sun, a tree grew miraculously on this spot from a seed planted by a bird.
