วัดพระธาตุไฮสร้อยเป็นวัดที่สร้างขึ้นตามคติวัดหลวงกลางเวียงของเมืองลอง ตามตำนานระบุว่า สร้างโดยพญาสุรมาลัยยะ (เจ้าสุรมาลัย) เจ้าเมืองลอง โดยมีการสร้างพระธาตุไฮสร้อยไว้เป็นพระมหาธาตุกลางเวียง ซึ่งภายในตำนานระบุว่าบรรจุพระธาตุส่วนสมองของพระพุทธเจ้า ด้วยวัดพระธาตุไฮสร้อยเป็นวัดหลวงกลางเวียงลองและพระธาตุไฮสร้อยเป็นพระมหาธาตุกลางเวียงลอง จึงได้รับการอุปถัมภ์จากเจ้าเมืองลองและชาวเมืองลองตลอดมา
จนกระทั่งหลังสงครามระหว่างอยุธยากับล้านนาใน พ.ศ. 2020 พญาหัวเมืองแก้ว ชาวเมืองเชียงใหม่ เสนาบดีของพระเจ้าติโลกราชได้ถูกส่งมาเป็นเจ้าเมืองลองแทนพญาเป็กขะจา อดีตเจ้าเมืองลองซึ่งถึงแก่อนิจกรรม จึงได้ย้ายศูนย์กลางการปกครองมาตั้งมั่นชั่วคราวที่บ้านก่อนดอนหัวนา (บริเวณโรงเรียนบ้านห้วยอ้อในปัจจุบัน) เหตุที่ย้ายน่าจะเพราะเวียงลองเก่าได้รับความเสียหายจากสงครามระหว่างล้านนากับอยุธยา วัดจึงร้างไประยะหนึ่ง ภายหลังได้มีชาวนครเชียงตุงบางส่วนเข้ามาตั้งถิ่นฐานด้วย กลุ่มที่เข้ามาเมืองลองนำโดยครูบาจองสูง หรือ ครูบาจอสุงจนฺทวโร พร้อมช่างฝีมือและชาวเมืองนครเชียงตุง โดยกลุ่มครูบาจองสูงตั้งถิ่นฐานที่บ้านไฮสร้อย และได้ฟื้นฟูวัดพระธาตุไฮสร้อย สำนักงานพระพุทธศาสนาแห่งชาติระบุว่าตั้งวัดเมื่อวันที่ 30 เมษายน พ.ศ. 1906 ได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อ พ.ศ. 2470
ผังวัดพระธาตุไฮสร้อยเดิมมีกำแพงแก้วแบ่งเขตพุทธาวาสและสังฆาวาสอย่างชัดเจน แต่ปัจจุบันกำแพงดังกล่าวรื้อออกไปแล้ว พระธาตุไฮสร้อยเป็นศูนย์กลางในเขตพุทธาวาส วิหารตั้งติดกับพระธาตุทางทิศตะวันออก หันหน้าไปยังแม่น้ำยม (หรือด้านทิศตะวันออก) หันด้านหลังให้พระธาตุ ส่วนด้านทิศเหนือติดกับพระธาตุเป็นอุโบสถ หันด้านหน้าไปทางทิศเหนืออยู่ด้านทิศเหนือ
พระธาตุไฮสร้อย องค์ที่เห็นปัจจุบันได้รับการบูรณะเมื่อ พ.ศ. 2535 แล้วเสร็จเมื่อ พ.ศ. 2536 รูปแบบไม่เหมือนเดิม ลักษณะพระธาตุแต่เดิมคงเหมือนกับองค์พระธาตุลำปางหลวง
ปูชนียวัตถุที่สำคัญ ได้แก่ พระเจ้าสามพี่น้อง เป็นพระพุทธรูปปูนปั้น 3 องค์ สร้างขึ้นเมื่อประมาณ พ.ศ.2345 มีรูปแบบทางศิลปะแบบไทเขิน–ไทใหญ่ แต่เนื่องด้วยมีการบูรณะหลายสมัยจึงปรากฏมีศิลปะล้านนาผสมอยู่ พระพุทธรูปปางไสยาสน์เป็นพระพุทธรูปศิลปะล้านนา อายุหลายร้อยปี ประดิษฐานเป็นพระประธานในอุโบสถ และ พระเจ้าปูนปั้น ประดิษฐานอยู่ร่วมกันพระเจ้าสามพี่น้อง ภายในมณฑปพระเจ้าสามพี่น้อง พระพุทธรูปองค์นี้มีอายุประมาณร้อยปี ปั้นโดยครูบาอินทวิไชยอรัญวาสี อดีตเจ้าอาวาสวัดพระธาตุศรีดอนคำ
ครูบาจอสูง (จอสุง) จนฺทวโร
ครูบายศ
ครูบาแก้ว
ครูบาจุมปู
ครูบาจันธิมา
ครูบาอินต๊ะ
ครูบามา
พระอธิการเขียน อินฺตโร
พระอธิการสวัสดิ์ ธมฺมรโต
พระครูพิศาลอรรถกิจ