วัดฝายหินเป็นวัดโบราณ ในรัชสมัยพระเจ้าติโลกราช (พ.ศ. 1985-2031) วัดแห่งนี้เคยมีฐานะเพียงหนึ่งในสำนักสงฆ์สาขาของรตนมหาวิหาร (วัดป่าแดงมหาวิหาร) ซึ่งในขณะนั้นเป็นวัดฝ่ายอรัญวาสี เป็นศูนย์กลางการศึกษาพระไตรปิฎก นับถือคำสอนลัทธิสิงหลใหม่ (พระพุทธศาสนาซึ่งรับมาจากประเทศศรีลังกา)
ต่อมาเป็นที่สถิตของพระอภัยสารทะ (อุ่นเรือน โสภโณ) อดีตสังฆปาโมกข์เมืองนครเชียงใหม่ สังฆราชาแห่งล้านนา ในปี พ.ศ. 2512 ได้มีการจัดตั้งมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ มีการโยกย้ายบ้านเรือนชาวบ้านรอบมหาวิทยาลัย วัดฝายหินจึงได้อยู่ในความอุปถัมภ์ของมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ตั้งแต่บัดนั้นเป็นต้นมา วัดแห่งนี้ได้รับการพัฒนาอย่างต่อเนื่อง จากมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ ทั้งนี้วัดฝายหินยังเป็นสถานที่ประกอบพิธีกรรมทางศาสนา ของคณาจารย์ นักศึกษา และเจ้าหน้าที่ของมหาวิทยาลัยด้วย ปัจจุบันทางวัดได้อนุเคราะห์พระภิกษุสามเณรทั้งจากประเทศไทย และประเทศเพื่อนบ้าน ให้มีโอกาสได้ศึกษาพระพุทธศาสนา โดยได้เปิดสำนักเรียน ธรรม-บาลี และตั้งแต่ปี พ.ศ. 2551 เป็นต้นมา ทางวัดได้เปิดโรงเรียนแผนกสามัญศึกษา ระดับมัธยมศึกษาตอนต้น โดยความร่วมมือระหว่างวัดฝายหิน และ โรงเรียนบาลีสาธิตศึกษา มหาวิทยาลัยมหาจุฬาลงกรณราชวิทยาลัย วิทยาเขตเชียงใหม่ วัดสวนดอก (จังหวัดเชียงใหม่)
ในวันที่ 21 เมษายน ของทุกปี ทางวัดจะเปิดโอกาสให้สาธุชน ได้รดน้ำรูปปั้นครูบาพระอภัยสาระทะ ซึ่งเป็นประเพณีประจำปีของวัด อยู่ในช่วงวันสุดท้ายของการบวชสามเณรภาคฤดูร้อน เพื่อเป็นสิริมงคล แก่สาธุชน และสามเณร ก่อนลาสิกขา
ได้จัดให้มีกิจกรรม รถด่วนขบวนพิเศษ โดยอาราธนาพระสงฆ์ผู้ทรงคุณวุฒิมาแสดงธรรม โดยกลุ่มหนุ่มสาวจังหวัดเชียงใหม่
จัดให้มีกิจกรรมการบวชสามเณรภาคฤดูร้อน อบรมค่ายธรรมจักรลีลาและการแข่งขันตอบปัญหา
จัดงานตักบาตรเทโวร่วมกับมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ทุกปี ในวันหลังจากออกพรรษา คือแรม 1 ค่ำทุกปี
มีการวนเวียนทุกวันสำคัญทางพระพุทธศาสนาถือว่าเป็นงานประจำปีมีผู้มาร่วมประชุมพิธีทำบุญฟังเทศน์ประมาณ 200 คน
จัดตั้งกลุ่มโครงการตั้งกลุ่มพุทธมากะ กลุ่มหนุ่มสาว พร้อมทั้งแนะนำการดำรงตนให้ถูกต้องตามสมบัติของอุบาสก-อุบาสิกา
ให้ที่พักอาศัยแก่พระภิกษุสามเณรที่มาศึกษาในเขตจังหวัดเชียงใหม่
ร่วมกับมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ปรับปรุงธรรมสถานมหาวิทยาลัยเชียงใหม่ เพื่อเป็นศูนย์กลางในการอบรมและสอนวิธีการปฏิบัติกรรมฐานของสำนักต่างๆและได้เปลี่ยนชื่อเป็นสถานปฏิบัติธรรมนานาชาติ ซึ่งได้ทำการเปิดดำเนินการตั้งแต่ปี 2544
ร่วมกับคณะกรรมการการเผยแผ่พระพุทธศาสนาทางวิทยุกระจายเสียงและโทรทัศน์คณะสงฆ์จังหวัดเชียงใหม่ สถานีวิทยุพระพุทธศาสนาจังหวัดเชียงใหม่ระบบ เอฟ. เอ็ม. ความถี่ 104.50 เมกเฮิรตซ์ กำลังส่ง 30 วัตต์
ให้การสนับสนุนกิจกรรมนักศึกษาโดยอนุเคราะห์ให้ยืมอุปกรณ์ต่างๆแก่นักศึกษา
ครูบามารวิชัย (อดีต - พ.ศ. 2398)
พระอภัยสารทะ (อุ่นเรือน โสภโณ) (2399- 2457)
พระปลัดคำซาว อินทนนฺโท (2458- 2493)
พระอธิการศรีมูล ญาณวโร (2494- 2509)
ครูบาแดง (2510- 2519)
พระศรีธรรมบัณฑิต (2520- 2530)
พระอธิการสิงห์แก้ว (2530- 2532)
พระมหาทองรัตน์ รตนวณฺโณ (2532- 2535)
พระครูใบฎีกาสุรัตน์ ฐานิสฺสโร (2535- 2538)
พระครูปริยัตยานุศาสตร์ (ไสว เทวปุญฺโญ) ดำรงตำแหน่ง รองเจ้าคณะอำเภอเมืองเชียงใหม่ (2539- 2562)
พระครูสมุห์วิษุวัตร วรกิจโจ (2566- ปัจจุบัน)